少年三国志2作为一款策略卡牌手游，其核心玩法围绕武将养成、阵容搭配和策略战斗展开，但游戏内还设计了多个特殊玩法系统，为玩家提供多样化的体验。传奇遇任务是游戏中极具特色的剧情向玩法，玩家通过完成以历史人物为蓝本的任务链，解锁专属剧情和稀有奖励。例如郭嘉传奇遇任务会重现其助曹操平定乱世的经典战役，任务中需根据战场地形、天气变化等因素调整策略，成功通关后可获得特殊称号、装备甚至稀有武将。该玩法不仅考验战术布局能力，还能深入了解三国历史人物背景。
军师系统是另一项深度策略玩法，玩家可招募张角等军师角色，通过激活其专属技能改变战局。军师技能通常具备全局效果，如张角的元素变身机制可在战斗中满血复活并增强属性，而华佗的群体治疗和中毒效果则兼顾续航与持续伤害。军师需通过碎片收集和升星培养，其技能搭配需与主力阵容形成互补，例如群雄阵营可优先选择强化召唤物的军师技能以发挥流派优势。
锦囊系统作为周年版本新增内容，进一步丰富了战斗策略维度。目前游戏内共有28种锦囊，分为属性增益型和技能特效型两类，例如紫金品质的观火锦囊能强化吴国武将爆发伤害，牵羊提供吸血续航效果。玩家需根据武将定位（输出/辅助/坦克）灵活搭配8个锦囊槽位，如攻击型武将优先选择暴击、破击属性，而防御型武将则侧重抗暴、格挡强化。该系统允许低战力玩家通过针对性配置实现越级挑战。
跨服GVG玩法百团争霸强调军团协作与实时对抗，每周分为报名、海选和王者之争三个阶段。玩家需协同攻击城门、占领炮塔或击败其他军团成员来累积积分，最终根据排名争夺王者军团称号。该玩法中，突击卡、防御卡等战场道具的时机使用尤为关键，而军团指挥还需统筹成员分工，如高战玩家负责攻坚，低战玩家专注占点支援。讨伐神兽玩法支持跨服组队挑战秘境BOSS，成功击杀后概率掉落神兽装备，可提升全队属性。
时空外传和逆转三国活动则提供了roguelike式的剧情探索体验。前者需在限定步数内收集宝箱并破解八卦奇阵等机关，后者则让玩家通过选项分支改变历史事件结局，选项解锁条件与角色属性值相关。这两类玩法奖励包括将魂、元宝及限定外观，但需注意部分隐藏成就需特定触发条件，如凤鸣百里关卡中存在需反复探索才能发现的宝箱位置。
少年三国志2通过融合历史剧情、策略养成和多人竞技等元素，构建了层次丰富的玩法体系。玩家需根据版本更新动态调整养成重心，如近期新增的灵契养成系统可提升神兽协同作战能力，而赤金武将的变身机制进一步强化了战斗中的节奏变化。合理规划资源投入与时间分配，是高效参与这些特殊玩法的关键。
